Nên chia Ghi chú thường xanh theo khái niệm, không theo tác giả, sách, sự kiện, dự án hay chủ đề. Làm vậy, ta phát hiện ra các kết nối xuyên sách, xuyên lĩnh vực khi cập nhật và liên kết ghi chú theo thời gian (Ghi chú thường xanh nên liên kết dày đặc).

Cách ghi chú đơn giản nhất là mở một ghi chú mới cho mỗi cuốn sách, mỗi dự án, hoặc mỗi chủ đề nghiên cứu. Vì mỗi ghi chú gộp nhiều khái niệm, sau này khó tìm lại những gì đã viết khi một khái niệm xuất hiện trở lại. Ta phải nhớ tên từng cuốn sách hoặc dự án đã đề cập đến nó (ngược lại: Ghi chú thường xanh nên ở mức nguyên tử (atomic)).

Đọc cuốn sách khác cũng bàn về khái niệm đó, ta lại viết ghi chú mới cho cuốn sách mới. Cách này không tạo ra tích lũy (trái với Công việc tri thức nên tích lũy). Suy nghĩ mới về khái niệm không kết hợp được với suy nghĩ cũ để tạo ra thứ gì mạnh hơn. Cuối cùng chỉ còn một tập hợp ghi chú rải rác về cùng một khái niệm, có khi gọi nó bằng nhiều tên khác nhau, mỗi ghi chú lại nằm lẫn trong một tài liệu lớn hơn.

Không chỉ chuyện tích lũy. Cách này cũng không tạo ra áp lực phải tổng hợp ý tưởng mới với suy nghĩ trước đó. Giữa chúng có mâu thuẫn không? Có phép chưng cất mạnh mẽ nào chỉ hiện ra khi tất cả những ý tưởng đó được xem xét cùng lúc không? Muốn hiểu thì phải bỏ công

Đọc hai cuốn sách cùng chủ đề, ta dễ liên kết ghi chú giữa chúng. Nhưng kết nối mới lạ hay xuất hiện ở những nơi không ngờ tới. Khi sắp xếp theo khái niệm, ta dựng ra được những liên kết bất ngờ giữa các ý tưởng nằm trong những cuốn sách rất khác nhau. Có khi trước đó ta chưa từng nhận ra hai cuốn đó có liên quan. Và thực tế, chúng có thể không liên quan, trừ đúng một điểm này.

Tổ chức theo khái niệm khiến việc ghi chú khó hơn một chút, nhưng khó theo cách có ích. Viết ghi chú mới, ta phải đi tìm xem nó nằm ở đâu trong tổng thể. Quá trình tìm kiếm này dẫn ta đi qua một phần mạng lưới ghi chú cũ, có khi đưa tới những chỗ không ngờ tới.

Theo thời gian, kho ghi chú lớn dần và ta có thể kết hợp chúng theo những cách ngày càng phức tạp (Tiêu đề ghi chú thường xanh giống như API) để tạo ra hiểu biết mới (Viết ghi chú thường xanh giúp tích lũy hiểu biết sâu sắc).